HI Alex,

please install mpi with mpirun on your system.
After that please run
touch /home/alex/picongpu.profile

Call tbg again.

best,
René

On 09/28/2016 03:44 PM, Alex Francisco wrote:

Dear PiconGPU developers:

alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ tbg -s bash -c
/home/alex/paramSets/case001/submit/0001gpus.cfg -t
submit/bash/bash_mpirun.tpl ~/runs/testBatch01

Running program ...
tbg/submit.start: line 37: /home/alex/picongpu.profile: No such file or
directory
tbg/submit.start: line 46: mpirun: command not found
tbg/submit.start: line 52: mpirun: command not found

I hope you can help me.

thank you very much for your help.

Alex.

2016-09-28 8:35 GMT-05:00 René Widera <r.widera@hzdr.de
<mailto:r.widera@hzdr.de>>:

    Hi Alex,

    please execute exactly the following command:

    tbg -s bash -c /home/alex/paramSets/case001/submit/0001gpus.cfg -t
    submit/bash/bash_mpirun.tpl ~/runs/testBatch01

    best,

    René



    On 09/28/2016 03:23 PM, Alex Francisco wrote:

        Dear PiconGPU developers:

        When I execute the next line of comands use tbg, the terminal of
        ubuntu
        show me this:

        alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ tbg bash -c -s -t
        /home/alex/paramSets/case001/submit/0001gpus.cfg
        submit/bash/bash_mpirun.tpl ~/runs/testBatch01
        Running program ...
        tbg/submit.start: line 37: /home/alex/picongpu.profile: No such
        file or
        directory
        tbg/submit.start: line 46: mpirun: command not found
        tbg/submit.start: line 52: mpirun: command not found

        I hope you can help me.

        thank you very much for your help.

        Alex.

        2016-09-21 10:14 GMT-05:00 Axel Huebl <a.huebl@hzdr.de
        <mailto:a.huebl@hzdr.de>
        <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>>:

            Alex,

            The first parameter is simply
              -s bash

            as I wrote you in the previous mail.

            Or for sake of simplicity:
              tbg -s bash -c submit/0016gpus.cfg -t
        submit/bash/bash_mpirun.tpl
            ~/runs/testBatch06

            Did you read the output of
              tbg --help
            yet?

            Cheers,
            Axel

            On September 21, 2016 4:14:55 PM CEST, Alex Francisco
            <djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>> wrote:
            >Dear developers PicOnGpu:
            >
            >
            >I'm running my simulation on my machine locally. when I
        execute the
            >line
            >how you say to me, the next form:
            >
            >tbg -s /home/alex/paramSets/case001/submit/bash/ -c
        submit/0016gpus.cfg
            >-t
            >/home/alex/paramSets/case001/submit/bash/bash_mpirun.tpl
            >~/runs/testBatch05
            >
            >/home/alex/paramSets/case001/submit/bash/:
            >
            >is a directory
            >
            >Also, I try this comman.
            >
            >tbg -s
        /home/alex/paramSets/case001/submit/bash/bash_mpirun.tpl -c
            >submit/0016gpus.cfg -t
            >/home/alex/paramSets/case001/submit/bash/bash_mpirun.tpl
            >~/runs/testBatch05
            >
            >/home/alex/src/picongpu/src/tools/bin/tbg: línea 354:
            >/home/alex/paramSets/case001/submit/bash/bash_mpirun.tpl:
        permission
            >denied
            >
            >
            >
            >I hope you can help me.
            >
            >Thank you very much.
            >
            >Alex.
            >
            >
            >
            >
            >2016-09-14 8:36 GMT-05:00 Huebl, Axel <a.huebl@hzdr.de
        <mailto:a.huebl@hzdr.de>
            <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>>:
            >
            >> Dear Alex,
            >>
            >> please read the output of
            >>   tbg --help
            >>
            >> first. As any command in the unix/linux/mac world, the
        order of
            >> parameters you specify behind it have a meaning that you
        need to
            >> understand first.
            >>
            >> a)
            >>  -s is the submit command
            >>  if you are not on a cluster, run locally with -s bash
            >>
            >> b) -t is a template to execute PIConGPU
            >>  if you are not on the cluster hypnos (which would be in
        our lab)
            >>  then use the other templates in submit/ such as
        bash/bash_mpirun.tpl
            >or
            >> write your own.
            >>
            >>
            >> Also before sending us error messages, please set your
        locale to
            >english
            >> so we can understand them.
            >>
            >> You can do so by running
            >>   export LC_ALL=en_US.UTF-8
            >>
            >> before doing anything else. This will temporarily set the
        language to
            >> english until you close your terminal (or SSH session) again.
            >>
            >>
            >> Best regards,
            >> Axel
            >>
            >> On 11.09.2016 20:54, Alex Francisco wrote:
            >> > Dear developers PicOnGpu:
            >> >
            >> > when i execute the line how you say to me, the next form:
            >> >
            >> > tbg -s /home/alex/build/ -c submit/0016gpus.cfg -t
            >> > submit/hypnos/k20_profile.tpl ~/runs/testBatch01
            >> >
            >> > This create this files in this directory
            >> >
            >> > /home/alex/build/
            >> >
            >> > alex@alex-Satellite-L635:~/build$ ls
            >> > CMake  CMakeCache.txt  CMakeFiles  Show
            >> >
            >> > and also create this folder: testBatch01
            >> >
            >> > alex@alex-Satellite-L635:~/runs/testBatch02$ ls
            >> > picongpu  tbg
            >> >
            >> > All is alright, is it this the output of the simulation
        of example?
            >> >
            >> >
            >> > Thanks for your great help they have given me, and I
        hope your
            >answer
            >> > about my question.
            >> >
            >> > Thank you very much.
            >> >
            >> > Alex.
            >> >
            >> >
            >> > 2016-08-28 6:47 GMT-05:00 Axel Huebl <a.huebl@hzdr.de
        <mailto:a.huebl@hzdr.de>
            <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>
            >> > <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>
        <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>>>:
            >> >
            >> >     Hi Alex,
            >> >
            >> >     Are you even on a cluster with a batch system?
            >> >     If yes, which one? PBS, Slurm, ...?
            >> >
            >> >     Otherwise, use -s bash and the -t submit/bash/...
            >"mpiexec"/"mpirun"
            >> >     bash .tpl file for locsl runs.
            >> >
            >> >     Axel
            >> >
            >> >     On August 28, 2016 12:38:37 AM CEST, Alex Francisco
            >> >     <djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>
            <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>>> wrote:
            >> >     >Dear developers PicOnGpu:
            >> >     >
            >> >     >I install the program again and I already are
        creating the
            >"bin"
            >> folder
            >> >     >in
            >> >     >the directory ~ / ParamSet / case001
            >> >     >
            >> >     >alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ ls
            >> >     >bin  cmakeFlags  include  lib  share  submit
            >> >     >
            >> >     >
            >> >     >When I execute the netx instructions, show me this:
            >> >     >
            >> >     >alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ tbg
        -s qsub -c
            >> >     >submit/0016gpus.cfg -t submit/hypnos/k20_profile.tpl
            >> ~/runs/testBatch01
            >> >     >
            >> >     >/home/alex/src/picongpu/src/tools/bin/tbg: línea
        354: qsub:
            >orden
            >> no
            >> >     >encontrada
            >> >     >
            >> >     >alex@alex-Satellite-L635:~/runs/testBatch01$
            >> >     >$PICSRC/configure
            >> >     >-i ~/paramSets/case002 ~/runs/testBatch01
            >> >     >cmake command: cmake
            >> >     >-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/alex/paramSets/case002
            >> >     >-DPIC_EXTENSION_PATH=/home/alex/runs/testBatch01
            >> >     >/home/alex/src/picongpu
            >> >     >-- Building libSplash version 1.4.0
            >> >     >-- Building RELEASE version
            >> >     >-- Parallel HDF5 found. Building parallel version
            >> >     >-- Building splashtools
            >> >     >-- Building splashtools parallel version
            >> >     >-- Configuring done
            >> >     >-- Generating done
            >> >     >-- Build files have been written to:
        /home/alex/src/picongpu
            >> >     >
            >> >     >
            >> >     >it is an error or that the order does not exist
        for the
            >> instructions of
            >> >     >tbg
            >> >     >or qsub "wrong Fingered".
            >> >     >
            >> >     >I hope can you help me,
            >> >     >
            >> >     >Thank you very much.
            >> >     >
            >> >     >Alex
            >> >     >
            >> >     >2016-08-10 3:35 GMT-05:00 Garten, Marco
        <m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            >> >     <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>:
            >> >     >
            >> >     >> Did you perhaps execute the $PICSRC/configure
        command inside
            >your
            >> >     >> home/alex/src/picongpu before? That will create
        some files
            >there
            >> and
            >> >     >will
            >> >     >> stop you
            >> >     >> from compiling correctly.
            >> >     >>
            >> >     >> First check if you have any changes in your
        source code:
            >> >     >>
            >> >     >> cd ~/src/picongpu
            >> >     >>
            >> >     >> git status
            >> >     >>
            >> >     >> --> Please show us the output of this
            >> >     >>
            >> >     >> If you have any modified or new files in there
        and NO
            >intentional
            >> >     >changes
            >> >     >> you can do:
            >> >     >>
            >> >     >> git reset --hard HEAD
            >> >     >>
            >> >     >> That resets your local index and working tree to
        the state
            >of the
            >> >     >branch
            >> >     >> as it was when you downloaded it. (Careful: it
        will also
            >delete
            >> your
            >> >     >> changes
            >> >     >> if you made some)
            >> >     >>
            >> >     >> Now you can retry building PIConGPU again:
            >> >     >>
            >> >     >> rm -r ~/build/*
            >> >     >>
            >> >     >> cd ~/build
            >> >     >>
            >> >     >> $PICSRC/configure ~/paramSets/case001
            >> >     >>
            >> >     >> make -j install
            >> >     >> (please only do the make command inside the
        build directory
            >> >     >> - if the configure command writes to any other
        directory
            >than
            >> build
            >> >     >> that is a sign that something went wrong)
            >> >     >>
            >> >     >> --> Please send us all the output until there again
            >> >     >>
            >> >     >> Best,
            >> >     >>
            >> >     >> Marco
            >> >     >>
            >> >     >> Am Tue, 9 Aug 2016 16:50:05 -0500 schrieb Alex
        Francisco <
            >> >     >> djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>
            <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>>>:
            >> >     >>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/src/picongpu$
        ./configure
            >> >     >~/paramSets/case001
            >> >     >>> cmake command: cmake -DCUDA_ARCH=sm_20
            >> >     >>> -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/alex/paramSets/case001
            >> >     >>>
        -DPIC_EXTENSION_PATH=/home/alex/paramSets/case001   .
            >> >     >>> -- Building Debug
            >> >     >>> -- libSplash supports PARALLEL output
            >> >     >>> -- libSplash compiler definitions:
            >> >     >>>
            >> >     >-D_LARGEFILE_SOURCE;-D_LARGEFILE64_SOURCE;-D_BSD_
            >> SOURCE;-DENABLE_HDF5=1
            >> >     >>> -- Found 'adios_config': /usr/bin/adios_config
            >> >     >>> /usr/bin/adios_config: línea 121: pkgconfig:
        orden no
            >encontrada
            >> >     >>> -- The directory provided by 'adios_config -d'
        does not
            >exist:
            >> >     >>> -- Could NOT find ADIOS (missing:  ADIOS_LIBRARIES
            >> >     >ADIOS_INCLUDE_DIRS)
            >> >     >>> (Required is at least version "1.6.0")
            >> >     >>> -- Boost version: 1.55.0
            >> >     >>> -- Found the following Boost libraries:
            >> >     >>> --   program_options
            >> >     >>> --   regex
            >> >     >>> -- Configuring done
            >> >     >>> -- Generating done
            >> >     >>> -- Build files have been written to:
            >/home/alex/src/picongpu
            >> >     >>>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/src/picongpu$ make -j
            >> >     >>> [100%] Built target splash2txt
            >> >     >>>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/src/picongpu$ make
        install
            >> >     >>> [100%] Built target splash2txt
            >> >     >>> Install the pro ject...
            >> >     >>> -- Install configuration: "Debug"
            >> >     >>> -- Up-to-date:
        /home/alex/paramSets/case001/./splash2txt
            >> >     >>>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/src/picongpu$ cd
            >~/paramSets/case001/
            >> >     >>>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ ls
            >> >     >>> cmakeFlags  include  splash2txt  submit
            >> >     >>>
            >> >     >>>
            >> >     >>>
            >> >     >>>
            >> >     >>> 2016-08-09 16:37 GMT-05:00 Alex Francisco
            ><djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>
            >> >     <mailto:djlexes@gmail.com
        <mailto:djlexes@gmail.com> <mailto:djlexes@gmail.com
        <mailto:djlexes@gmail.com>>>>:
            >> >     >>>
            >> >     >>> alex@alex-Satellite-L635:~/build$ make -j install
            >> >     >>>> make: *** No rule to make target 'install'.  Alto.
            >> >     >>>> alex@alex-Satellite-L635:~/build$ make -j
            >> >     >>>> make: *** No se especificó ningún objetivo y no se
            >encontró
            >> ningún
            >> >     >>>> makefile.  Alto.
            >> >     >>>>
            >> >     >>>>
            >> >     >>>> 2016-08-09 16:35 GMT-05:00 Alex Francisco
            ><djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>
        <mailto:djlexes@gmail.com <mailto:djlexes@gmail.com>>
            >> >     <mailto:djlexes@gmail.com
        <mailto:djlexes@gmail.com> <mailto:djlexes@gmail.com
        <mailto:djlexes@gmail.com>>>>:
            >> >     >>>>
            >> >     >>>> alex@alex-Satellite-L635:~/build$
            >~/src/picongpu/./configure
            >> >     >>>>> ~/paramSets/case001/
            >> >     >>>>> cmake command: cmake -DCUDA_ARCH=sm_20
            >> >     >-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/a
            >> >     >>>>> lex/paramSets/case001/
            >> >     >>>>>
        -DPIC_EXTENSION_PATH=/home/alex/paramSets/case001/
            >> >     >>>>> /home/alex/src/picongpu/.
            >> >     >>>>> -- Building Debug
            >> >     >>>>> -- libSplash supports PARALLEL output
            >> >     >>>>> -- libSplash compiler definitions:
            >> -D_LARGEFILE_SOURCE;-D_LARGEFI
            >> >     >>>>> LE64_SOURCE;-D_BSD_SOURCE;-DENABLE_HDF5=1
            >> >     >>>>> -- Found 'adios_config': /usr/bin/adios_config
            >> >     >>>>> /usr/bin/adios_config: línea 121: pkgconfig:
        orden no
            >> encontrada
            >> >     >>>>> -- The directory provided by 'adios_config
        -d' does not
            >exist:
            >> >     >>>>> -- Could NOT find ADIOS (missing:
        ADIOS_LIBRARIES
            >> >     >ADIOS_INCLUDE_DIRS)
            >> >     >>>>> (Required is at least version "1.6.0")
            >> >     >>>>> -- Boost version: 1.55.0
            >> >     >>>>> -- Found the following Boost libraries:
            >> >     >>>>> --   program_options
            >> >     >>>>> --   regex
            >> >     >>>>> -- Configuring done
            >> >     >>>>> -- Generating done
            >> >     >>>>> CMake Warning:
            >> >     >>>>>   Manually-specified variables were not used
        by the
            >project:
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>>     PIC_EXTENSION_PATH
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>> -- Build files have been written to:
            >/home/alex/src/picongpu
            >> >     >>>>> alex@alex-Satellite-L635:~/build$ make -j intall
            >> >     >>>>> make: *** No rule to make target 'intall'.  Alto.
            >> >     >>>>> alex@alex-Satellite-L635:~/build$
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>> 2016-08-09 16:17 GMT-05:00 Marco Garten
            <m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            >> >     <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>:
            >> >     >>>>>
            >> >     >>>>> This still looks like as if your compile
        process has not
            >been
            >> >     >successful
            >> >     >>>>>> and the executable has not been built (nor
        has the bin
            >folder
            >> >     >been
            >> >     >>>>>> created).
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> Could you please remove all the contents
        inside the
            >~/build
            >> >     >directory,
            >> >     >>>>>> repeat the following steps and show us all
        the output
            >from
            >> your
            >> >     >>>>>> terminal?
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> 1. Configure the example (cd ~/build &&
            >$PICSRC/configure
            >> >     >>>>>> ~/paramSets/case001)
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> 2. Compile the code (make -j install)
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> Hope we can get your code running soon!
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> Best,
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> Marco
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>>
            >> >     >>>>>> Am 09.08.2016 um 22:34 schrieb Alex Francisco:
            >> >     >>>>>> > When I execute this line|: |
            >> >     >>>>>> > tbg -s qsub -c
        ~/paramSets/case001/submit/0016gpus.cfg
            >-t
            >> >     >>>>>> >
        ~/paramSets/case001/submit/hypnos/k20_profile.tpl
            >> >     >~/runs/testBatch01
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> > Show me this in my terminal:
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >
        alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$ tbg -s
            >qsub
            >> -c
            >> >     >>>>>> > ~/paramSets/case001/submit/0016gpus.cfg -t
            >> >     >>>>>> >
        ~/paramSets/case001/submit/hypnos/k20_profile.tpl
            >> >     >~/runs/testBatch01
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> > cp: no se puede efectuar `stat' sobre
            >> >     >>>>>> > «/home/alex/paramSets/case001/bin»: No
        existe el
            >archivo o
            >> el
            >> >     >>>>>> directorio
            >> >     >>>>>> > /home/alex/src/picongpu/src/tools/bin/tbg:
        línea 354:
            >qsub:
            >> >     >orden no
            >> >     >>>>>> > encontrada
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> > thank you very much,
            >> >     >>>>>> > I hope you can help me,
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> > Alex.
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> > 2016-08-09 13:36 GMT-05:00 Huebl, Axel
            ><a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>
        <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>
            >> >     <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>
        <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>>
            >> >     >>>>>> > <mailto:a.huebl@hzdr.de
        <mailto:a.huebl@hzdr.de> <mailto:a.huebl@hzdr.de
        <mailto:a.huebl@hzdr.de>>
            <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>
        <mailto:a.huebl@hzdr.de <mailto:a.huebl@hzdr.de>>>>>:
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >     Your simulation has not yet run.
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >     Please check the output of the "tbg"
        command, the
            >> "queue"
            >> >     >of your
            >> >     >>>>>> batch
            >> >     >>>>>> >     system, etc.
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >     if it would have run, a "simOutput"
        dir would
            >exist in
            >> the
            >> >     >>>>>> directory you
            >> >     >>>>>> >     listed.
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >     Best,
            >> >     >>>>>> >     Axel
            >> >     >>>>>> >
            >> >     >>>>>> >     On 09.08.2016 12:49, Alex Francisco wrote:
            >> >     >>>>>> >     > which is the output of the example
        simulation
            >"Laser
            >> >     >>>>>> Wakefield"?,.
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     > I can see is this in my folder
            >~/runs/testBatch01:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
        alex@alex-Satellite-L635:~/runs/testBatch01$ ls
            >> >     >>>>>> >     > picongpu  tbg
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     > Thank you very much
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     > Alex.
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     > 2016-08-09 11:27 GMT-05:00 René Widera
            >> >     <r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>
            <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>>
            >> >     >>>>>> >     <mailto:r.widera@hzdr.de
        <mailto:r.widera@hzdr.de> <mailto:r.widera@hzdr.de
        <mailto:r.widera@hzdr.de>>
            ><mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>>>
            >> >     >>>>>> >     > <mailto:r.widera@hzdr.de
        <mailto:r.widera@hzdr.de>
            <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>
            ><mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>>
            >> >     <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>
            <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>
        <mailto:r.widera@hzdr.de <mailto:r.widera@hzdr.de>>>>>>:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >     Dear Alex,
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >     `make install` for splash2txt
        copies the
            >binary to
            >> >     >the
            >> >     >>>>>> folder
            >> >     >>>>>> >     >     defined in `CMAKE_INSTALL_PREFIX`.
            >> >     >>>>>> >     >     It not creates a `bin` folder.
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >     René
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >     On 09.08.2016 17:48, Alex
        Francisco wrote:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >         When I execute: |make
        install, ||it is
            >not
            >> >     >copying the
            >> >     >>>>>> >     binaries
            >> >     >>>>>> >     >         /bin to
            >> >     >>>>>> >     >         this folder, |
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >alex@alex-Satellite-L635:~/paramSets/case001$
            >> ls
            >> >     >>>>>> >     >         cmakeFlags  include
        splash2txt  submit
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >         also when I am in the folder
            >~/src/picongpu,
            >> show
            >> >     >me
            >> >     >>>>>> this,
            >> >     >>>>>> >     when I
            >> >     >>>>>> >     >         execute cmake -L:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
         alex@alex-Satellite-L635:~/src/picongpu$
            >> cmake -L
            >> >     >>>>>> >     >         *CMake Error: The source
            >> >     >>>>>> >     >
         "/home/alex/src/picongpu/CMakeLists.txt"
            >does
            >> >     >>>>>> >     >         not match the source
            >> >     >>>>>> >     >         "/home/alex/src/picongpu/src/
            >> >     >>>>>> tools/splash2txt/CMakeLists.txt"
            >> >     >>>>>> >     >         used to
            >> >     >>>>>> >     >         generate cache.  Re-run
        cmake with a
            >different
            >> >     >source
            >> >     >>>>>> >     directory.*
            >> >     >>>>>> >     >         -- Cache values
            >> >     >>>>>> >     >
            >ADIOS_CONFIG:FILEPATH=/usr/bin/adios_config
            >> >     >>>>>> >     >         CMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Debug
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >CMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/home/alex/paramSets/case001
            >> >     >>>>>> >     >         HDF5_DIR:PATH=HDF5_DIR-NOTFOUND
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >
            >> >
         >MPI_EXTRA_LIBRARY:STRING=/usr/lib/libmpi.so;/usr/lib/x86_64-
            >> >     >>>>>>
        linux-gnu/libdl.so;/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so
            >> >     >>>>>> >     >
            >MPI_LIBRARY:FILEPATH=/usr/lib/libmpi_cxx.so
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >
            >> >

        >>Splash_LIBRARIES:FILEPATH=/home/alex/lib/splash/lib/libsplash.a
            >> >     >>>>>> >     >
            >Splash_ROOT_DIR:PATH=/home/alex/lib/splash
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >         2016-08-08 15:41 GMT-05:00
        Marco Garten
            ><
            >> >     >>>>>> m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>
            >> >     >>>>>> >     <mailto:m.garten@hzdr.de
        <mailto:m.garten@hzdr.de> <mailto:m.garten@hzdr.de
        <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            ><mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>
            >> >     >>>>>> >     >         <mailto:m.garten@hzdr.de
        <mailto:m.garten@hzdr.de>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            >> >     <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>
            >> >     ><mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>>
            >> >     >>>>>> >     >         <mailto:m.garten@hzdr.de
        <mailto:m.garten@hzdr.de>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            >> >     <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>
            >> >     ><mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>
            >> >     >>>>>> >     <mailto:m.garten@hzdr.de
        <mailto:m.garten@hzdr.de>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>
            >> >     <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>
            <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>
        <mailto:m.garten@hzdr.de <mailto:m.garten@hzdr.de>>>>>>>:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Dear Alex,
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             the TBG command as you
        executed it
            >uses
            >> the
            >> >     >>>>>> relative
            >> >     >>>>>> path
            >> >     >>>>>> >     >         from inside
            >> >     >>>>>> >     >             your paramSet. The
        config file is
            >located
            >> >     >inside
            >> >     >>>>>> >     >
         ~/paramSets/case001/submit - just
            >like the
            >> >     >hardware
            >> >     >>>>>> >     template
            >> >     >>>>>> >     >         file
            >> >     >>>>>> >     >             k20_profile.tpl is in
            >> >     >>>>>> ~/paramSets/case001/submit/hyp
            >> >     >>>>>> nos/.
            >> >     >>>>>> >     >             So either execute the
        command from
            >> >     >>>>>> ~/paramSets/case001 or
            >> >     >>>>>> >     >         use the
            >> >     >>>>>> >     >             absolute path.
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Don't forget to delete
        the folder
            >> >     >>>>>> ~/runs/testBatch01/
            >> >     >>>>>> >     before
            >> >     >>>>>> >     >         because
            >> >     >>>>>> >     >             otherwise TBG will tell
        you that the
            >job
            >> name
            >> >     >is
            >> >     >>>>>> >     already in
            >> >     >>>>>> >     >         use. (The
            >> >     >>>>>> >     >             run folders all contain
        a copy of
            >the
            >> >     >executable
            >> >     >>>>>> and
            >> >     >>>>>> the
            >> >     >>>>>> >     >         parameter set
            >> >     >>>>>> >     >             regardless if the job is
        running or
            >not)
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             You seem to be using the
        config
            >files and
            >> the
            >> >     >>>>>> architecture
            >> >     >>>>>> >     >         template of
            >> >     >>>>>> >     >             our home cluster on your
        local
            >machine,
            >> >     >though.
            >> >     >>>>>> That
            >> >     >>>>>> would
            >> >     >>>>>> >     >         require you
            >> >     >>>>>> >     >             to have 16 GPUs if you
        use the
            >> 0016gpus.cfg
            >> >     >file.
            >> >     >>>>>> If
            >> >     >>>>>> you
            >> >     >>>>>> >     >         want to do a
            >> >     >>>>>> >     >             quick test whether the
        code is
            >running at
            >> all
            >> >     >you
            >> >     >>>>>> can just
            >> >     >>>>>> >     >         execute:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             cd ~/paramSets/case001/bin
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             ./picongpu -d 1 1 1 -g
        64 128 64 -s
            >1000
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             This will run the code
        with one GPU
            >on a
            >> grid
            >> >     >of
            >> >     >>>>>> 64 x
            >> >     >>>>>> >     128 x
            >> >     >>>>>> >     >         64 cells for
            >> >     >>>>>> >     >             1000 steps.
            >> >     >>>>>> >     >             Please look at any of
        the *gpus.cfg
            >files
            >> for
            >> >     >>>>>> additional
            >> >     >>>>>> >     >         options to the
            >> >     >>>>>> >     >             command that will
        generate output. I
            >would
            >> >     >>>>>> recommend
            >> >     >>>>>> >     >         something like:
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             --png_e.period 50
        --png_e.axis yz
            >> >     >>>>>> --png_e.slicePoint
            >> >     >>>>>> 0.5
            >> >     >>>>>> >     >         --png_e.folder
            >> >     >>>>>> >     >             pngElectronsYZ
        --elec_cnt.period 50
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             This will give you the
        total count
            >of
            >> >     >electrons in
            >> >     >>>>>> the
            >> >     >>>>>> >     >         simulation at
            >> >     >>>>>> >     >             every 50th time step and
        also a PNG
            >> showing a
            >> >     >YZ
            >> >     >>>>>> slice of
            >> >     >>>>>> >     >         the electron
            >> >     >>>>>> >     >             charge density. The
        output will now
            >be
            >> >     >created
            >> >     >>>>>> directly in
            >> >     >>>>>> >     >         the "bin"
            >> >     >>>>>> >     >             folder where your
        executable is.
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Hope this works for you!
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Best,
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Marco
            >> >     >>>>>> >     >
            >> >     >>>>>> >     >             Am 08.08.2016 um 18:14
        schrieb Alex
            >> >     >Francisco:
            >> >     >>>>>> >     >             > Thank you very much
        this worked!!!
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             > When I do execute this
        line of
            >code in
            >> my
            >> >     >>>>>> terminal
            >> >     >>>>>> >     show this:
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             >
        alex@alex-Satellite-L635:~/
            >> src/picongpu$
            >> >     >tbg -s
            >> >     >>>>>> qsub -c
            >> >     >>>>>> >     >             > submit/0016gpus.cfg -t
            >> >     >>>>>> >     >         ~/paramSets/case001/submit/
            >> hypnos/k20_profile.tpl
            >> >     >>>>>> >     >             > ~/runs/testBatch01/
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             > The given cfg file
            >"submit/0016gpus.cfg"
            >> >     >does not
            >> >     >>>>>> exist
            >> >     >>>>>> >     >         (-c|--cfg).
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             > However, I turn to the
        folder
            >case001
            >> and
            >> >     >there
            >> >     >>>>>> show me
            >> >     >>>>>> >     >         the folder
            >> >     >>>>>> >     >             > testBatch01, I ask to
        yours, if it
            >can
            >> be
            >> >     >showing
            >> >     >>>>>> me
            >> >     >>>>>> >     this
            >> >     >>>>>> >     >         because I once
            >> >     >>>>>> >     >             > create and do not need
        to recreate
            >the
            >> >     >subfolder
            >> >     >>>>>> >     >         (testBatch01) ??
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             >
        alex@alex-Satellite-L635:~/runs$
            >ls
            >> >     >>>>>> >     >             > testBatch01
            >> >     >>>>>> >     >             >
            >> >     >>>>>> >     >             > and in the folder
        testBatch01 show
            >me
            >> this
            >> >     >files: